La Estructura Orgánica de la Dirección Regional de Salud Puno, se Establece hasta el segundo nivel organizacional y es la siguiente:
ORGANO DE DIRECCIÓN
- Secretaria Administrativa
- Asesoria Legal
- Defensoria dela Salud
ORGANO DE CONTROL
- Oficina Ejecutiva de Control Institucional
ORGANO DE ASESORAMIENTO
- Oficina Ejecutiva de Planeamiento y Presupuesto
ORGANOS DE APOYO
- Oficina Ejecutiva de Administración
- Oficina Ejecutiva de Recursos Humanos
- Oficina de Estadística, Informática y Telecomunicaciones
ORGANOS DE LINEA
- Dirección Ejecutiva de Salud Ambiental
- Dirección Ejecutiva de Salud de las Personas
- Dirección Ejecutiva de Epidemiologia y Control de Emergencias y Desastres
- Dirección Ejecitiva de Medicamentos, Insumos y Drogas
- Dirección Ejecutiva de Promocion de la Salud.
- Dirección de Laboratorio Referencial de Salud Publica
ORGANOS DESCONCENTRADOS
- Dirección de Red de Salud Puno
- Dirección de Red de Salud San Roman
- Dirección de Red de Salud Melgar
- Dirección de Red de Salud Azangaro
- Dirección de Red de Salud Chucuito
- Dirección de Red de Salud el Collao
- Dirección de Red de Salud Yunguyo
- Dirección de Red de Salud Carabaya
- Dirección de Red de Salud Sandia
- Dirección de Red de Salud Lampa
- Hospital Regional “Manuel Nuñez Butron”